Тестирование на вирус SARS-CoV-2: отказ от использования транспортной среды

Срочная потребность в широкомасштабном клиническом или эпиднадзорном тестировании на SARS-CoV-2 требует пересмотра методов сбора, транспортировки, обработки и тестирования респираторных образцов.

Обычное тестирование на SARS-CoV-2 включает сбор клинического образца с помощью мазка из носоглотки, хранение мазка во время транспортировки в универсальной транспортной среде, выделение РНК и количественную ПЦР с обратной транскрипцией (RT-qPCR). По мере того, как тестирование охватывает весь мир, могут возникать проблемы поставок реагентов и комплектующих для каждого звена этой цепочки.

Для оценки возможности отказа от использования транспортной среды было проведено сравнение двух схем проведения анализа:

1. общепринятая схема: мазок → транспортная среда → экстракция РНК → RT-qPCR;
2. упрощенная схема: мазок →  элюирование из сухого мазка → RT-qPCR.  

Результаты показывают, что использование сухих тампонов с последующим элюированием простым буферным раствором (ТЕ) не приводит к существенному снижению чувствительности анализа. Необходимо дальнейшее подтверждение эффективности такого подхода на больших выборках и вариациях других параметров.

S. Srivatsan, P. Han, K.  van Raay, C. Wolf, D.  McCulloch, A. Kim, E.  Brandstetter, B. Martin, J. Gehring, W. Chen, S. Kosuri, E. Konnick, C. Lockwood, M. Rieder4, D.  Nickerson, H. Chu, J. Shendure, L. Starita. Preliminary support for a “dry swab, extraction free” protocol for SARS-CoV-2 testing via RT-qPCR //bioRxiv, posted April 23, 2020. https://doi.org/10.1101/2020.04.22.056283.