Диагностика бактериальных инфекций при холецистите с помощью высокопроизводительного секвенирования

Острый холецистит — воспалительное заболевание желчного пузыря. Более чем в 90 % случаев холецистита в желчном пузыре обнаруживают камни. Также при холецистите выявляются повреждения стенки органа, бактериальные инфекции, нарушения химического состава содержимого желчного пузыря. Во время лечения острого холецистита проводится посев желчи для выявления патогенов и коррекции антибиотикотерапии. Процесс культивирования занимает несколько дней, в результате чего назначение адекватной схемы лечения откладывается, что может усугублять течение заболевания и приводить к селекции устойчивых вариантов патогена. Смогут ли современные технологии, пока доступные только в исследовательских лабораториях и только входящие в практику, облегчить процесс диагностики?

Одна из таких технологий, высокопроизводительное секвенирование нового поколения, была применена для исследования материала от шести пациентов, подвергшихся удалению желчного пузыря в связи с развитием острого холецистита. При поступлении в стационар и до проведения операции больные проходили антибиотикотерапию, время ожидания составляло в среднем 31 час. В ходе операции образцы желчи отбирались для посева и секвенирования. У пациентов также отбирались образцы слюны и кала, чтобы понять, можно ли использовать для исследования более доступный материал, чем содержимое желчного пузыря.

В четырёх случаях культивирование показало присутствие в желчи микроорганизмов, в двух случаях посев дал отрицательный результат. Интересно, что в четырёх случаях, когда культивирование дало положительный результат, секвенирование показало значительно более высокое содержание ДНК человека в желчи, что свидетельствует о более интенсивном эксфолиативном процессе в стенках желчного пузыря. Также у этих пациентов была отмечена более высокая нагрузка бактериальной ДНК в желчи и выявлены изменения в составе фекальной микрофлоры и микрофлоры ротовой полости. В тех образцах, где патогена не удалось выявить методом культивирования, нагрузка бактериальной ДНК была низкой.

Оба метода показали присутствие устойчивых к бета-лактамам кишечных палочек в двух случаях, при этом у пациента, в кале и слюне которого было также повышено содержание кишечных палочек, после операции развились осложнения. В двух случаях были выявлены смешанные инфекции, вызванные кишечными палочками клебсиеллами и стрептококками. Метод высокопроизводительного секвенирования позволил быстрее идентифицировать патогены и оценить их количественное содержание в материале. Исследование дополнительных образцов дало возможность лучше представить процесс развития инфекции в организме пациента.

диагностика бактериальных инфекций при холецистите с помощью высокопроизводительного секвенирования

Вхождение новых технологий в практику – длительный процесс. Методы, доступные исследователям, требуют серьёзной адаптации для большого объёма срочных исследований. Но их использование в будущем позволит повысить эффективность лечения различных заболеваний.

Kujiraoka M, Kuroda M, Asai K, Sekizuka T, Kato K, Watanabe M, Matsukiyo H, Saito T, Ishii T, Katada N, Saida Y, Kusachi S. Comprehensive Diagnosis of Bacterial Infection Associated with Acute Cholecystitis Using Metagenomic Approach. Front Microbiol. 2017. 8:685.

Все новости

ФБУН НИИ эпидемиологии
и микробиологии имени Пастера
Отдел новых технологий